Análisis transcriptómico y epigenético de linfocitos T CD8+ de neonatos y adultos humanos en estado basal y durante la activación

Resumen Los neonatos son muy susceptibles a patógenos intracelulares, esto conduce a una alta tasa de mortalidad. En este trabajo nos enfocamos en las células T CD8+, cuya función principal es la eliminación de las células infectadas por patógenos intracelulares. Las células T CD8+ neonatales presentan diferentes características en comparación con las células de adulto, que pudieran llevar a la alta vulnerabilidad a infecciones de los neonatos. Entre ellas están una mayor susceptibilidad a apoptosis, un alto umbral de activación, genes característicos de la inmunidad innata y baja producción de citocinas proinflamatorias. Todas estas características se reflejan en el perfil transcriptómico y epigenético únicos de las células T CD8+ vírgenes neonatales. Pero surgen las siguientes preguntas ¿Se puede modificar este perfil transcripcional único de las células neonatales con señales de activación fuertes (i.e. la presencia de la IL-12)? Y ¿Qué señales pudieran estar regulando este perfil transcriptómico y epigenético de las células T CD8+ vírgenes neonatales? Para contestar la primera pregunta, evaluamos el transcriptoma de las células T CD8+ de neonatos y adultos en estado basal y en respuesta a la activación por el TCR, en presencia y ausencia de la IL- 12. Encontramos que en las células neonatales, las señales de la IL-12 contribuyen a la expresión de genes tipo células de adulto, asociados con señalización intracelular, citocinas de las células T, metabolismo y división celular y además, contribuyó a la inhibición del FT firma de neutrófilos CEBPE y a otros genes relacionados con una respuesta tipo inmunidad innata. También las señales de la IL-12 indujeron la apertura de genes de citotoxicidad. Esto sugiere que las señales de la IL-12 contribuyen a la reprogramación epigenética de las células T CD8+ neonatales. Para contestar la segunda pregunta, analizamos el perfil epigenético de las células T CD8+ de neonatos y adultos y evaluamos los motivos de unión de factores transcripcionales (FTs) en las distintas regiones de la cromatina y en los promotores de los clústeres de genes diferencialmente expresados entre estas células. Entre ellos encontramos en los promotores activos únicamente de las células de adulto a los motivos de unión a FTs de respuesta a interferón IRF2 e IRF3. Por otra parte, en las células neonatales encontramos a los motivos de unión a FTs de respuesta canónica a Wnt, TCF1 y LEF1, así también a Bcl11A y Bcl11B. También encontramos diferencias en los motivos de unión de miembros de la familia NFAT, particularmente a NFATc2 encontrado en los potenciadores activos de las células neonatales y NFATc1 en las células de adultos. Sugiriéndonos a estos FTs como reguladores importantes de la cromatina en las células T CD8+ de neonatos y adultos. i