Caracterización transcriptómica de mecanismos de resistencia múltiple a acaricidas en Rhipicephalus (Boophilus) microplus

La garrapata del ganado Rhipicephalus (Boophilus) microplus representa una seria amenaza para la producción pecuaria, debido a las importantes pérdidas económicas que ocasiona tanto por daño directo como por transmisión de patógenos. En este estudio, se extrajo ARN total de tres cepas de R. (B.) microplus: dos cepas con resistencia múltiple a cinco familias de acaricidas; carbamatos, organofosforados, piretroides, amidinas y fipronil (Rancho Nuevo y Vargas), y una cepa susceptible (Zacatecas). Cada cepa fue procesada con tres réplicas biológicas para llevar a cabo el análisis transcriptómico mediante secuenciación masiva. Un total de 139,645,928 lecturas, fueron generadas con una producción de 10.41 Gb de datos y una calidad promedio Phred de 34.55. Tras el filtrado por calidad, se conservaron 138,217,916 lecturas útiles, descartándose únicamente el 1.02 % de las lecturas. El ensamblado de novo utilizando TrinityBG, combinado con el mapeo de referencia mediante STAR, fue identificado como el enfoque más eficaz, alcanzando una eficiencia de mapeo del 92.6% y una mejora notable del 61.4% en la precisión del mapeo con STAR. El análisis de expresión diferencial realizado con DESeq2 reveló 13,310 isoformas la cepa Rancho Nuevo comparado con el control, 14,175 isoformas en la cepa Vargas frente al control, La anotación con Trinotate permitió asociar el 39.79% de los transcritos diferencialmente expresados con funciones conocidas, de estas formas conocidas se lograron identificar 268 y 331 transcritos asociados a mecanismos de resistencia para las cepas RN y Vargas. De manera adicional, se logró el ensamblado de 31 secuencias de las moléculas diana de 3 de los 5 grupos de acaricidas que son resistentes, y se evaluaron 39 SNPS asociados con la resistencia a acaricidas en la literatura.