Análisis genómico de una nueva especie de Trichoderma aislada de una milpa en Morelos

Los hongos a menudo se clasifican utilizando varios conceptos de especies que utilizan diferentes criterios. Esto dificulta los estudios comparativos entre individuos o poblaciones del reino Fungi. Hoy en día, la genómica proporciona fuertes herramientas para reunir los diversos conceptos de especies e integrar la taxonomía de hongos en este amplio campo de la biología (Xu, 2020). El género Trichoderma descrito por Persoon, (1794) (Hypocreales: Hypocreaceae) es un importante grupo de hongos para la humanidad con una amplia gama de aplicaciones en la industria, la agricultura y la biorremediación. Por lo tanto, la identificación rápida y precisa de las especies de Trichoderma es primordial, ya que suele ser el primer paso en la investigación basada en este género (Druzhinina et al., 2011). Estos hongos no sólo protegen las plantas al micoparasitar otros hongos y combatir ciertos nematodos, sino que inducen resistencia contra patógenos, imparten tolerancia al estrés abiótico, mejoran el crecimiento y vigor de las plantas, solubilizan los nutrientes y biorremedian los metales pesados así como también los contaminantes ambientales (Mukherjee et al., 2013). En este trabajo, ensamblamos de novo el genoma completo de una cepa de hongo (BMH-0061) aislada de una milpa en Morelos, mediante lecturas largas utilizando la tecnología Oxford Nanopore MinION. Con estos datos, aproximamos el contexto especie-específico de una nueva cepa fúngica del género Trichoderma, aplicando el “concepto filofenético de especie” (actualmente usado en la biología de procariontes y eucariontes microbianos) así como el análisis de transición o transicional (Rossellö-Mora & Amann, 2001; Cavalier-Smith, 2006). Evaluamos las hipótesis de coherencia genómica, filogenética, caracteres diagnósticos discriminatorios, así como una exploración de los elementos genómicos marcadores de la transición típica de especie. Después de estos profundos análisis de toda la secuencia del genoma, concluimos que esta cepa pertenece a una nueva especie de Trichoderma no descrita y definimos sus límites taxonómicos. Llamamos a esta nueva especie Trichoderma tlahuicanensis sp. nov. strain BMH-0061en honor a la etnia nativa que habitaba el lugar del que se aisló la cepa, los Tlahuicas. Además, esta cepa muestra un notable potencial como microorganismo de biocontrol, respaldado por evidencias de comportamiento de micoparasitismo, observados tanto macroscópica como microscópicamente.