Canceroma: detección molecular de marcadores de cáncer por secuenciación masiva de tercera generación

RESUMEN El cáncer es un conjunto de enfermedades causadas por el crecimiento y diseminación incontrolado de células por cambios en la regulación de su ciclo, otorgándoles ventajas para su sobrevivencia en comparación de la familia celular de origen, el cambio en regulación de su ciclo es principalmente de carácter genético1. Para el año 2015 el cáncer era el causante del 16% de las muertes a nivel mundial, siendo la segunda causa de muerte2. La detección de cambios en las secuencias ADN ha ayudado a establecer las bases moleculares del cáncer y sus posibles etiologías. Gracias al desarrollo de la tecnología de secuenciación de ADN desde los años 703, se han generado un gran número de bases de datos4,5 y se ha acelerado de manera exponencial el análisis de las variaciones genéticas entre individuos6. Las variaciones más estudiadas son los polimorfismos de una sola base (SNP). El análisis de los SNP ha permitido introducir los principios para una medicina personalizada7,8. El estudio de las variaciones genéticas ha tenido un impacto en la oncología9, porque se ha utilizado para el diagnóstico preventivo10. La técnica más utilizada para diagnóstico preventivo es por secuenciación de exomas, debido a su precio relativamente accesible. En el caso de México, la técnica se ha aplicado con éxito, pero hace falta validar un panel de SNPs relacionados con la incidencia de los diversos cánceres para precisar biomarcadores en la población mexicana. Los objetivos de la presente tesis fueron diseñar y validar una técnica de secuenciación de muy alto rendimiento para detectar simultáneamente un gran número de biomarcadores de cáncer. Para este fin, se realizó una minería de datos para definir los SNP relacionados con alguna neoplasia. Se identificaron un total de 57,181 artículos relacionado con SNP, de los cuales solamente 43,780 SNP tienen una importancia clínica, solo 7,628 SNP esta relacionados con algún tipo de cáncer distribuidos en 1468 genes, se diseñó un panel de 4439 SNP de los 7628 a partir de los criterios de la tesis. Se identificaron un total de 3456 SNP, se comparó la SNP detectados con la técnica diseñada con una comercial y se obtuvo una exactitud de 98.06%, lo que permite usar la técnica como una propuesta para el diagnóstico preventivo. La técnica diseñada tiene un costo de procesamiento de muestra de 725 dólares, siendo elevado en comparación con la técnica comercial, dando como resultado una técnica que presenta futuro para su posible aplicación como una técnica de diagnóstico preventivo para población mexicana, que requiere automatización para ser una técnica competitiva, eficaz y robusta para detectar varios biomarcadores de cáncer.