| dc.rights.license | http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0 - Atribución-NoComercial | es_MX |
| dc.contributor | CARMEN NINA PASTOR COLON | es_MX |
| dc.contributor.author | MARCO ANTONIO RAMIREZ MARTINEZ | es_MX |
| dc.contributor.other | director - Director | es_MX |
| dc.coverage.spatial | MEX - México | es_MX |
| dc.date | 2019-06-06 | |
| dc.date.accessioned | 2019-06-13T09:30:16Z | |
| dc.date.available | 2019-06-13T09:30:16Z | |
| dc.identifier.uri | http://riaa.uaem.mx/handle/20.500.12055/873 | |
| dc.description | Resumen
Las proteínas intrínsecamente desordenadas (IDPs) carecen de una estructura tridimensional
fija y realizan múltiples funciones. Un mecanismo molecular empleado para la regulación de
las posibles conformaciones accesibles de una IDP es la fosforilación de residuos de serinas
y treoninas; este mecanismo es mimetizado experimentalmente mediante la mutación de
dichos residuos por aspartato o glutamato, suponiendo que la adición de carga es el efecto
de interés, pero hay diferencias estructurales entre fosfatos y carboxilatos que pudieran
hacer sus efectos no equivalentes. En este proyecto empleamos dinámica molecular para
estudiar un péptido de 20 aminoácidos proveniente del extremo C-terminal de la proteína
adenoviral E1B55kDa. Esta proteína está involucrada en el ciclo de replicación viral y es
regulada por fosforilación. Para evaluar el efecto que tiene la fosforilación sobre el paisaje
conformacional que visita el péptido, construimos variantes fosforiladas, fosfomiméticas
(glutamato y aspartato) y nulas (alanina). Usamos el campo de fuerza Charmm36m, el
programa NAMD con el solvente TIP3P, a 298 K, 0.15 NaCl y 1 atm de presión. Para
determinar la similitud entre la fosforilación y las mutaciones fosfomiméticas analizamos las
interacciones intracadena y con el agua, así como la formación de estructura secundaria.
Nuestros resultados sugieren que la versión fosforilada es más compacta, mientras que las
fosfomiméticas parecen ser más extendidas. Además, identificamos a los residuos arginina 9
y fosfotreonina 19 como residuos clave en el establecimiento de interacciones, motivo por el
cual decidimos agregar las mutantes R9A en sus variantes fosforilada y silvestre, así como
las mutantes T19A en sus versiones silvestre, fosforilada y fosfomiméticas. Los resultados de
estas simulaciones muestran que no existe un cambio considerable en la compactación del
péptido, sin embargo, el patrón de interacciones con los demás residuos negativos presentes
en el péptido son diferentes para cada variante. Debido a que la interacción R9-pT19 es la
más frecuente, analizamos el tipo de estructura que se forma cuando esta interacción se da;
observamos que la versión fosforilada no adquiere ningún tipo de estructura secundaria
durante la interacción antes mencionada. Esto sugiere que la interacción de este segmento
puede estar dada por formación de complejos difusos (fuzzy), mientras que las demás
variantes muestran estructuras similares entre ellas que pudieran influir en el mecanismo de
interacción con proteínas virales y/o celulares. Basados en los resultados anteriores
podemos concluir que las mutantes fosfomiméticas no están recreando los resultados
obtenidos con las versiones fosforiladas, por lo que no son 100% equivalentes. | es_MX |
| dc.format | pdf - Adobe PDF | es_MX |
| dc.language | spa - Español | es_MX |
| dc.publisher | El autor | es_MX |
| dc.rights | openAccess - Acceso Abierto | es_MX |
| dc.subject | 7 - INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA | es_MX |
| dc.subject.other | 33 - CIENCIAS TECNOLÓGICAS | es_MX |
| dc.title | Efecto de la fosforilación y los fosfomiméticos en la estructura y dinámica del péptido c-terminal desordenado de la proteína adenoviral e1b55kda | es_MX |
| dc.type | masterThesis - Tesis de maestría | es_MX |
| uaem.unidad | Instituto de Investigación en Ciencias Básicas y Aplicadas (IICBA) - Instituto de Investigación en Ciencias Básicas y Aplicadas (IICBA) | es_MX |
| uaem.programa | Maestría en Ciencias - Maestría en Ciencias | es_MX |
| dc.type.publication | acceptedVersion | es_MX |
| dc.audience | researchers - Investigadores | es_MX |
