| dc.contributor | BLANCA ITZELT TABOADA RAMÍREZ | |
| dc.contributor | LORENA DÍAZ GONZÁLEZ | |
| dc.contributor.author | OSCAR ALEJANDRO USCANGA JUNCO | |
| dc.contributor.other | director - Director | |
| dc.date.accessioned | 2026-09-08T15:54:05Z | |
| dc.date.available | 2026-09-08T15:54:05Z | |
| dc.identifier.uri | http://riaa.uaem.mx/handle/20.500.12055/5316 | |
| dc.description | Los virus se organizan en 12 rangos taxonómicos; reino mayor, reino, filo, subfilo, clase, orden, suborden, familia, subfamilia, género, subgénero y especie. Las secuencias a nivel especie que pertenecen al mismo género contienen información redundante, pues cuando un read tiene una coincidencia con esta zona redundante, es necesario llevar a cabo procedimientos para obtener precisión en la anotación taxonómica como la identificación de un ancestro común o LCA o un procedimiento de asignación probabilística para determinar la especie o género correctos mediante la determinación de abundancias. En esta tesis doctoral se presenta el desarrollo de una metodología novedosa para la generación de bases de datos de referencia con redundancia reducida basada en la organización de secuencias virales en los niveles taxonómicos género y especie, a estas estructuras se les denomina “Pangenomas Virales” y tienen su uso proyectado para metagenómica viral. El procedimiento para la generación de pangenomas consiste en la detección de redundancia entre regiones de nucleótidos y la determinación de regiones únicas para cada especie, así como identificación de regiones de nucleótidos redundantes que se comparten entre especies que pertenecen al mismo género. El objetivo de estas estructuras es simplificar el procedimiento de la identificación taxonómica de lecturas metagenómicas ofreciendo una alternativa más compacta y específica para ser usada como base de datos de referencia con el objetivo de hacer anotación taxonómica sin comprometer la diversidad filogenética. Los pangenomas virales muestran hasta un 99.51% de reducción de redundancia y un hasta 100% de recuperación media hacia secuencias asociadas a las especies virales también se encontró hasta un 94.1% de índice de compresión para géneros con alta identidad interespecie. Este procedimiento de generación de pangenomas puede ser utilizado además para identificación de secuencias únicas a niveles taxonómicos inferiores a especie, como los subtipos H y N de Influenza A. | |
| dc.format | pdf - Adobe PDF | |
| dc.rights | openAccess - Acceso Abierto | |
| dc.subject | 7 - INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA | |
| dc.subject.other | 33 - CIENCIAS TECNOLÓGICAS | |
| dc.title | El pangenoma viral: bases de datos de referencia mejoradas para genómica viral | |
| dc.type | doctoralThesis - Tesis de doctorado | |
| uaem.unidad | Instituto de Investigación en Ciencias Básicas y Aplicadas (IICBA) - Instituto de Investigación en Ciencias Básicas y Aplicadas (IICBA) | |
| uaem.programa | Doctorado en Ciencias - Doctorado en Ciencias | |
