| dc.rights.license | http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0 - Atribución-NoComercial | es_MX |
| dc.contributor | ENRIQUE MERINO PEREZ | es_MX |
| dc.contributor.author | KAREL JOHAN ESTRADA GUERRA | es_MX |
| dc.contributor.other | director - Director | es_MX |
| dc.coverage.spatial | MEX - México | es_MX |
| dc.date | 2022-11-11 | |
| dc.date.accessioned | 2024-01-17T21:55:13Z | |
| dc.date.available | 2024-01-17T21:55:13Z | |
| dc.identifier.uri | http://riaa.uaem.mx/handle/20.500.12055/4384 | |
| dc.description | El inicio de la traducción en procariotas está principalmente definido, aunque
no exclusivamente, por la interacción entre la secuencia anti-Shine-Dalgarno (antiSD),
ubicada en el extremo 3’ del RNA ribosomal 16S, y una secuencia complementaria, el
sitio de unión del ribosoma o Shine-Dalgarno (SD), ubicado río arriba del codón de
inicio en los mRNA. El antiSD tiene un núcleo altamente conservado 5’-CCUCC-3’, pero
se han encontrado variaciones entre especies con respecto a la participación de las
bases adyacentes en la unión. Estas variaciones se han descrito en ciertas bacterias y,
en menor medida, en algunas arqueas. Para analizar estas variaciones en nuestro
estudio realizamos un análisis estadístico de las interacciones termodinámicas entre la
región 5’ UTR del mRNA y las regiones del extremo 3’ del rRNA 16S de más de 6400
organismos, con el objetivo de identificar las secuencias antiSD y SD más probables en
una amplia gama de procariontes, incluyendo un gran número de arqueas.
En nuestro estudio identificamos 15 grupos de variantes de antiSD que se
asocian significativamente con el origen filogenético de los organismos. Además,
nuestros hallazgos revelaron que ciertos organismos exhiben variaciones en el propio
núcleo del antiSD, destacando que un núcleo inalterado no es necesariamente
requerido para la interacción entre el extremo 3’ del rRNA y la región que precede al
AUG del mRNA. En nuestro estudio también clasificamos a los organismos en cuatro
categorías distintas dependiendo de la conservación del núcleo y la evidencia de
interacción : i) aquellos que poseen un núcleo conservado y muestran evidencia de
unión; ii) aquellos con un núcleo conservado pero sin evidencia de unión; iii) aquellos
que exhiben unión en ausencia de un núcleo conservado; y iv) aquellos que carecen
tanto de un núcleo conservado como de evidencia de unión. Nuestros resultados
indican que, independientemente de la conservación de la secuencia central 5’-CCUCC-
3’ (CCUCC) presente en el extremo 3’ del rRNA 16S, la posición y secuencia de la antiSD
pueden variar dependiendo de los orígenes filogenéticos de los organismos. Estos
hallazgos se discuten en términos de la evolución de la iniciación de la traducción en
organismos procariotas. | es_MX |
| dc.description | The initiation of translation in prokaryotes is primarily defined, although not
exclusively, by the interaction between the anti-Shine-Dalgarno sequence (antiSD),
located at the 3’-terminus of the 16S ribosomal RNA, and a complementary sequence,
the ribosome binding site, or Shine-Dalgarno (SD), located upstream of the start codon
in mRNA. The antiSD has a highly conserved core 5’-CCUCC-3’, but variations have been
found between species regarding the involvement of adjacent bases in binding. These
variations have been described in certain bacteria and, to a lesser extent, in some
arquea. To analyze these variations in our study, we conducted a statistical analysis of
the thermodynamic interactions between the 5’ UTR region of mRNA and the 3’ end
regions of 16S rRNA from 6400 organisms, with the aim of identifying the most
probable antiSD and SD sequences across a wide range of prokaryotes, including a large
number of arquea.
In our study, we identified 15 groups of antiSD variants that are significantly
associated with the phylogenetic origin of organisms. Furthermore, our findings
revealed that certain organisms exhibit variations in the core of antiSD itself.
Importantly, an unaltered core is not necessarily required for the interaction between
the 3’ end of rRNA and the region preceding the AUG of mRNA. In our study, we also
classified organisms into four distinct categories depending on the conservation of the
core and evidence of interaction: i) those possessing a conserved core and showing
evidence of binding; ii) those with a conserved core but no evidence of binding; iii)
those exhibiting binding in the absence of a conserved core; and iv) those lacking both
a conserved core and evidence of binding. Our results indicate that, regardless of the
conservation of the central sequence 5’-CCUCC-3’ (CCUCC) present at the 3’ end of 16S
rRNA, the position and sequence of antiSD can vary depending on the phylogenetic
origins of organisms. These findings are discussed in terms of the evolution of
translation initiation in prokaryotic organisms. | es_MX |
| dc.format | pdf - Adobe PDF | es_MX |
| dc.language | spa - Español | es_MX |
| dc.publisher | El autor | es_MX |
| dc.rights | openAccess - Acceso Abierto | es_MX |
| dc.subject | 7 - INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA | es_MX |
| dc.subject.other | 33 - CIENCIAS TECNOLÓGICAS | es_MX |
| dc.title | Análisis in silico de las secuencias de unión a ribosoma que definen el inicio de la traducción en procariontes | es_MX |
| dc.type | doctoralThesis - Tesis de doctorado | es_MX |
| uaem.unidad | Centro de Investigación en Dinámica Celular (CIDC) - Instituto de Investigación en Ciencias Básicas y Aplicadas (IICBA) - Centro de Investigación en Dinámica Celular (CIDC) - Instituto de Investigación en Ciencias Básicas y Aplicadas (IICBA) | es_MX |
| uaem.programa | Doctorado en Ciencias - Doctorado en Ciencias | es_MX |
| dc.type.publication | acceptedVersion | es_MX |
| dc.audience | researchers - Investigadores | es_MX |
| dc.date.received | 2023-12-06 | |
