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Análisis comparativo del transcriptoma del hongo halófilo aspergillus sydowii-like, crecido en benzo [a] pireno y fenantreno en condiciones hipersalinas.
| dc.rights.license | http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0 - Atribución-NoComercial | es_MX |
| dc.contributor | RAMON ALBERTO BATISTA GARCIA | es_MX |
| dc.contributor.author | HEIDY PEIDRO GUZMAN | es_MX |
| dc.contributor.other | director - Director | es_MX |
| dc.coverage.spatial | MEX - México | es_MX |
| dc.date | 2018-06-18 | |
| dc.date.accessioned | 2019-01-31T20:18:42Z | |
| dc.date.available | 2019-01-31T20:18:42Z | |
| dc.identifier.uri | http://riaa.uaem.mx/handle/20.500.12055/437 | |
| dc.description | RESUMEN El uso indiscriminado de combustibles fósiles, los derrames de petróleo, entre otras causas relacionadas, son los factores principales que han contribuido a lo largo del tiempo a la persistencia de contaminantes xenobióticos en el ambiente. Ejemplo de este tipo de compuestos son los hidrocarburos policíclicos aromáticos (HPAs), caracterizados por ser tóxicos, carcinogénicos y mutagénicos debido a la estabilidad de su estructura aromática. En este sentido se han implementado varias estrategias ambientales con el objetivo de remover este tipo de compuestos, entre las que se encuentra la biorremediación. El empleo de hongos filamentosos en este campo ha probado tener ciertas ventajas sobre el uso de bacterias. Sin embargo, muy pocos estudios en la actualidad se enfocan en los mecanismos moleculares que permiten a los hongos utilizar los HPAs como fuente de carbono en condiciones de halofilia; donde se esperaría produzcan enzimas funcionalmente estables para degradarlos en condiciones de hipersalinidad (1M NaCl). En este estudio se analizó el transcriptoma de Aspergillus sydowii-like, un hongo halófilo con potencialidad para degradar HPAs en condiciones hipersalinas. A. sydowii-like fue capaz de crecer en presencia de HPAs como única fuente de carbono, y luego de 4 días de cultivo, fue capaz de degradar un 48 y un 58% de benzo [a] pireno y fenantreno, respectivamente. Se investigó su capacidad para producir lacasas, peroxidasas y esterasas bajo condiciones hipersalinas. Este estudio reveló que la biodegradación era predominante sobre la biosorción como estrategia de eliminación. Se empleó la técnica de RNAseq para identificar y caracterizar el transcriptoma de A. sydowii-like. El ARN total se purificó y secuenció a partir de cultivos crecidos en presencia de HPAs o glucosa en condiciones hipersalinas (1M NaCl). El análisis bioinformático realizado reveló que 170 genes regulados positivamente y 76 regulados negativamente se expresaron diferencialmente en presencia de HPAs respecto al crecimiento de este hongo en presencia de glucosa (control). En presencia de HPAs, A. sydowii-like aumenta el número de transcritos de enzimas involucradas directamente en la degradación de este tipo de compuestos, tal es el caso de la glutatión-S-transferasa, la NADH- 2 ubiquinona oxidorreductasa y la cloroperoxidasa. Así mismo se favorece la respiración celular con el objetivo de oxidar los HPAs hasta CO2 y H2O. Este es el primer intento de análisis de la expresión génica de un hongo halófilo en presencia de HPAs. | es_MX |
| dc.description | ABSTRACT The indiscriminate use of fossil fuels and oil spills, among other related causes are the main factors that have contributed over time to the persistence of xenobiotic pollutants in the environment. Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) are defined as persistent xenobiotic compounds with strong carcinogenic and mutagenic properties, highly toxic and stable in the environment due to their aromatic rings. Several eco-friendly strategies have been used to remove them from aquatic ecosystems, bioremediation included. The use of filamentous fungi in this field has proven to have certain advantages over the use of bacteria. However, very few studies focus on the molecular mechanisms that allow fungi to use PAHs as a carbon source under halophilic conditions; where it would be expected the production of functionally stable enzymes to degrade them under hypersaline conditions (1M NaCl). In this study we analyze the transcriptome of Aspergillus sydowii-like, a halophile fungus with the potential for PAHs degradation under hypersaline conditions. The growth profile of A. sydowii-like was measured, revealing that this fungus could use PAHs as a sole carbon source. After 4 days of culture, it was capable to degrade a 48 and 58% of benzo [a] pyrene and phenantrene respectively. Its ability to produce laccases, peroxidases and esterases under hypersaline conditions was investigated. This study revealed that biodegradation was predominant over biosorption as the removal strategy. High-throughput sequencing was employed to identify and characterize the transcriptome of A. sydowii-like. Total RNA was purified and sequence from hipersaline cultures (1M NaCl) growing in presence of PAHs or glucose. The bioinformatic analysis showed that 170 genes were up regulated whereas 76 were down regulated demonstrating differential expression in PAHs vs glucose. In the presence of PAHs, A. sydowii-like increases the number of transcripts of the enzymes directly involved in the degradation of this type of compounds, such as glutathione-S-transferase, NADH-ubiquinone oxidoreductase and chloroperoxidase. Likewise, the respiratory chain is favored with the aim of oxidizing 4 the PAHs to CO2 and H2O. This is the first attempt to analyse with a high- throughput vision the gene expression of a halophile fungus in presence of PAHs | es_MX |
| dc.format | pdf - Adobe PDF | es_MX |
| dc.language | spa - Español | es_MX |
| dc.publisher | El autor | es_MX |
| dc.rights | openAccess - Acceso Abierto | es_MX |
| dc.subject | 7 - INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA | es_MX |
| dc.subject.other | 33 - CIENCIAS TECNOLÓGICAS | es_MX |
| dc.title | Análisis comparativo del transcriptoma del hongo halófilo aspergillus sydowii-like, crecido en benzo [a] pireno y fenantreno en condiciones hipersalinas. | es_MX |
| dc.type | masterThesis - Tesis de maestría | es_MX |
| uaem.unidad | Instituto de Investigación en Ciencias Básicas y Aplicadas (IICBA) - Instituto de Investigación en Ciencias Básicas y Aplicadas (IICBA) | es_MX |
| uaem.programa | Maestría en Ciencias - Maestría en Ciencias | es_MX |
| dc.type.publication | acceptedVersion | es_MX |
| dc.audience | students - Estudiantes | es_MX |
| dc.audience | teachers - Maestros | es_MX |
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Se trata de tesis realizadas por estudiantes egresados de programas de posgrado de nuestra institución.